Email Artikel ini 
KERAGAMAN GENETIK DAN DISTRIBUSI HAPLOGROUP TRENGGILING (Manis javanica Desmarest, 1822)
Sari
untuk menyelidiki diversitas genetika trenggiling dari dua populasi, yaitu kawasan konservasi dan lembaga konservasi di Sumatera Utara dan Jawa. Fragmen D-loop DNA mitokondria yang teramplifikasi sepanjang 1129 pasang basa, terdapat 55 haplotipe dengan 120 situs, dan 12 haplogroup. Tiga frekuensi haplotipe tertinggi dijumpai pada H-19 (9,09%), H-15 dan H-43 (3,64%), dan lainnya 1,8%. Jarak genetik antar haplotipe trenggiling berkisar antara 0,001-0,099 dengan rata-rata 0,012. Jarak genetik haplogroup dengan reference berkisar 0.001-0,019; jarak genetik dalam haplogroup berkisar antara 0,003-0,015; jarak genetik antar haplogroup berkisar 0,003-0,021, dan jarak genetik antara haplogroup dengan outgroup berkisar 0,0940,109. Diversitas nukleotida (Pi) sebesar 0,008 dan diversitas haplotipe (Hd) 0,994±0,006, yang menunjukkan keragaman genetik yang tinggi. Hasil Tajima test pada jarak genetik antar haplotipe populasi trenggiling menunjukkan nilai D: -2,337 (berbeda nyata pada taraf P<0,1), sedangkan hasil Fu and Li's test menghasilkan D: -4,444 dan F: -4,337 (berbeda nyata pada taraf P<0,02). Hal ini merupakan indikator tingginya keragaman genetik dan ekspansi populasi trenggiling.
Kata Kunci
Teks Lengkap:
pdfReferensi
Avise, J.C. (1994). Molecular markers natural history and evolution. New York: Chapman and Hall.
Bandelt, H.J., Forster, P., & Rohl, A. (1999). Median-joining networks for inferring intra specific phylogenies. Mol. Biol. Evol. 16, 37-38.
Beck, R.M.D, Bininda-Edmonds, O.R.P., Cardillo, M., Liu, F.G.R. & Purvis, A. (2006). A higher level MRP supertree a placental mammals BioMed Centra Evolutionary Biology 6:93.
Birmingham, E. (1990). Mitochondrial DNA and the analysis of fish population structure. In D.H. Whitmore (Ed.),Electrophoretic andi soelectric focusing techniques in fisheries management (pp. 107129). Florida: CRC Press, Inc Boca Raton.
Corbet, G. & Hill, J. (1992). Mammals of the Indomalayan region. Oxford: Natural History Museum, London and Oxford University Press.
Damayanti, S.C. (2010). Peranan studi genetika dalam kegiatan konservasi. Diakses 5 Pebruari 2010 dari www.docstoc.com/Peranan-Studi-Genetika-dalam-Kegiatan-Konservasi.
Dandy. (2013). Study save trenggiling 2013. Diakses 5 Juli 2013 dari http: //dandysmainfile,blogspot.com/201 3/03/study-save-trenggiling-2013.
Dewantoro. (2013, 5 Maret). Medan pintu gerbang perdagangan hewan dilindungi. Medan Bisnis. Diakses 5 Juli 2013 dari http://www.medanbisnis.daily.com/news/read/2013/03/05/1629/medan_pintu_gerbang_perdagangan_hewan_dilindungi/#.
Fu, Y.X. & Li, W.H. (1993). Statistical test of neutrality of mutations. Genetics 133, 693-709.
Hence, J. (2008). Illegal wildlife trade devastating Asia’s pangolins. Diakses 25 Juni 2013 dari http: //www.mongabay.com.
Himawan, S. (2012). Pemberantasan wildlife crime di Indonesia melalui kerjasama Asian Wildlife Enforcement Network (ASIAN-WEN). (Tesis). Program Pasca Sarjana, Universitas Diponegoro, Semarang.
Howes, B.J., Pither, R., & Prior, K.A.(2009). Conservation implications should guide the application of conservation genetics research. Endangered Species Research 8,193-199.
IUCN. (2012). IUCN redlist of threatened species. Diakses 30 Desember 2013 dari www.iucnredlist.org.
Kementerian Kehutanan. (2012). Statistik Kehutanan Indonesia Tahun 2012. Jakarta: Kementerian Kehutanan. Diakses 4 Juli 2013 dari http://www.dephut.go.id/index.php?q=id/taxonomy/term/287/0.
Lin, L.H., Qi, Y.F., Zhou, K.Y., & Ji, X. (2012). Genetic structure and demographic history should inform conservation:Chinese cobras currently treated as homogenous show population. Diakses 4 Juli 2013 dari http://worldwidescience .org/topicpages/t/t-dna+medicted+gene-html.
Marini, H.S. (2013, 18 Februari). Populasi trenggiling di Sumsel semakin terancam. Antara News. Diakses 4 Juli 2013 dari http://www.antarbengkulucom/berita/10645/populasi-trenggili-di- sumsel-semakin-terancam.
Mondol, S., Bruford, M.W., & Ramakrisshnan, U. (2013). Demographic loss, genetic structure and the conservation implications for Indian tigers. Diakses 5 Juli 2013 dari The Royal Society, http://www.royalsocietypublishing.org//20130496
Nei, M. & Kumar, S. (2000). Molecular evolution and phylogenetics. Oxford: Oxford University Press, Inc.
Newton, P., Thai, N.V., Roberton, S., & Bell, D. (2008). Pangolins in Peril:using local hunter’s knowledge to conserve exlusive species in Vietnam. Endangered Species Research 6, 41-53.
Novriyanti. (2011). Kajian manajemen penangkaran, tingkat konsumsi, palatabilitas pakan, dan aktivitas harian trenggiling (Manis javanica Desmarest, 1822) di penangkaran UD. Multi Jaya Abadi Sumatera Utara. (Skripsi). Departemen Konservasi Sumberdaya Hutan dan Ekowisata, Fakultas Kehutanan IPB, Bogor.
Nowak, R. (1999). Walker’s mammals of the world (6 th ed.). Baltimore: The Johns Hopkins University Press.
Rodrigues, A. (2011). Developing techniques to recover and analyze DNA
from processed pangolin products for combating illegal wildlife trade. Vancouver: Simon Fraser University.
Rozas, J., Sanches-Delbarrio, J.C., Messegyer, X., & Rozas, R. (2003). DNA SP, DNA polymorphism analysis by coalescent and other methods. Bioinformatics 19, 2496-2497.
Sambrock, J., Fritsch, E.F., & Maniatis, T. (1989). Molecular, cloning a laboratory manual. (2 nd ed.). Cold Spring Harbor: Cold Spring Laboratory Press.
Simonsen, G.K., Churchill, G.A., & Aquadro, C.F. (1995). Properties of statistical test of neutrality for DNA polymorphism data. Genetics 141:413-429.
Tajima, F. (1989). Statistical method for testing the neutral mutation hyphothesis by DNA polymorphism. Genetics 123,585-595.
Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., & Kumar, S. (2011). 5T MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using maximum likelihood, evolutionary distance and maximum parsimony methods. Molecular Biology and Evolution 28, 2731-2739.
TRAFFIC. (2008). Indonesian policy smash one of country’s largest illegal wildlife smuggling operations. TRAFFIC news, 5 August 2008. Diakses 24 November 2012 dari http://www.traffic.org/home /2008/8/5/indonesian-police-smash-one-of-countrys-largest-illegal-wild .html.
Wibisono, B.K. (2009). Bengkulu sasaran perburuan trenggiling dan kumbang tanduk. Diakses 4 Juli 2013 dari http://www.antaranews.com/berita/1252963242/bengkulusasaran-perb.
Zein, M.S.A. & Sulandari, S. (2008). Keragaman genetik ayam lombok berdasarkan sekuen D-loop DNA mitokondria. JITV 13(4), 308-314.
Zhang, Y.P. & Li-ming, S. (1991). Genetic diversity in the Chinese pangolin (Manis pentadactyla): inferred from restriction enzyme analysis of mitochondrial DNAs. Kunming: Laboratory of Cellular and Molecular Evolution, Institute of Zoology, Academia Sinica.
DOI: https://doi.org/10.20886/jphka.2014.11.2.113-125
##submission.copyrightStatement##
##submission.license.cc.by-nc4.footer##
JURNAL PENELITIAN HUTAN DAN KONSERVASI ALAM INDEXED BY:
Copyright of Jurnal Penelitian Hutan dan Konservasi Alam (JPHKA)
eISSN : 2540-9689, pISSN : 0216-0439
JPHKA is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
